「エリアのリストへのアクセス権限設定」の続編です。
結論：やっぱ無理。
SPS と WSS ではアクセス権の設定に以下のような違いがあります。
WSS：SPWebオブジェクトのSPUserCollection/SPRoleCollectionオブジェクトに対して設定する。
SPS：AreaのGUIDを指定してPermissionCollectionオブジェクトを取得し設定する。
で、ここからが本題。エリアに存在するドキュメントライブラリやリストは、AreaオブジェクトのSPWebオブジェクトのSPListCollectionオブジェクト（Area.Web.Lists）に存在します。なので、WSSと同様にSPSでも同じ方法が利用できると考えていたのですが...
その同じ方法とは、SPListオブジェクトのアクセス権を設定する場合、SPListオブジェクトが存在するSPWebオブジェクトに対して事前にアクセス権を設定する必要があります。先にSPWebオブジェクトにアクセス権を設定しないと、「ユーザが見つかりません」というような例外がスローされます。
で、これがSPSで成り立ちません。Areaオブジェクトにアクセス権を設定しても、そのプロパティであるSPWebオブジェクトのアクセス権は全く変更（継承）されません。しかも直接SPWebオブジェクトのアクセス権を設定することもできなくなっています。その結果、SPListオブジェクトにアクセス権が設定できないということみたいです。
まだ、その辺についてSDKを読んでないのでなんとも言えないんですが、kunitakaさんのコメントの通りSPSによって拡張される仮定で制限がかかってるみたいです。APIかDBなのかは不明です(DBっぽいです)。
そんな理由で「やっぱ無理」です。
次のバージョンはどうなることやら...
あ、SharePoint 2007の方はまだセットアップしてません。めんどいなー。